デリカ類など短期に消費期限が設定されている商品は品切れを防ぐため需要より多めに仕入を行うものの、売れ残りによるロス率は思いの外に大きく、金額で見た場合にこれが意外と馬鹿にできない事もある。特に弁当・惣菜等のデリカ類はロイヤリティーの率によっては実質赤字状態の店舗も多い。販売管理システムの運用次第で無意味な売れ残りや品切れの発生を抑制できるのがPOSシステムのセールスポイントの一つであるが、この問題を含め本部の情報技術への投資が店舗経営の効率化に結びついているかという点については、多くのチェーンで少なからぬ疑問の余地が存在する。

また、デリカ類が品薄となり加盟店の冷蔵ショーケースが空いた状態になる事を『チェーンの恥』として本部社員が嫌う風潮も、多くのコンビニチェーンで見られる。この為、本部から巡回してくる担当社員などが、常日頃から一定量の廃棄が出る事を前提とした多めの仕入れを、「本部からの指導」という形で、店舗側に事実上強制しているのがコンビニ業界の実態かつ常識となっており、コンビニ業界で「適正」とされる廃棄量は「１日の売り上げ分ぐらい」とされ、標準的な店舗でも金額換算すれば月50～60万円（2009年現在）にも及ぶ<ref>クローズアップ２００９：公取委排除命令　揺らぐコンビニ商習慣 - 毎日新聞社 2009年6月23日</ref>。また、廃棄される商品にも本部へのロイヤルティーがかけられる契約が結ばれているケースも存在している。上記の場合、廃棄されればされるほど本部は儲かるというシステムになっている。

しかし、本部の圧力の弱いチェーンでは、昨今の風潮を反映して「機会損失を減らすことより商品ロスを減らすことを重視する」経営者が増えており、時間帯によっては弁当類が全品品切れとなるような店舗も増えつつある。

原則的に商品のロスを照会する場合、一定期間における専門スタッフによる棚卸を実行している。

売れ残ったまま消費期限を迎える商品については、特に値下げ等による見切り販売は行わず、原則として全て廃棄対象とすることが多い。これは本部と店舗とのFC契約において通常「見切り販売はFC契約解除、もしくは次回契約更新時の契約拒否事由に当たる」との条項が含まれている事が理由である。しかし消費者サイドからは「まだ食べられる食品を捨ててしまうのはもったいない」との意見や「店舗側による自由な販売を本部側が制限するのは、 2009年5月29日</ref>。

廃棄となったデリカ類を回収しての肥料化など、廃棄食品の再利用の取り組みも一部では行われている。だが、結局のところこれはチェーン本部のエコロジーへの取り組みの一環としてのパフォーマンス的な意味合いが強く窺えるもので、さらに言えば根本のところで加盟店から大量のデリカ廃棄が出される事を前提としているものであり<ref>当然ではあるが、この様な再利用の加工を行う場合、原料として使用する廃棄食品と生産される再利用製品の量は概ね比例関係となる。</ref>、損失・廃棄コスト削減などの加盟店単位での商品ロス削減・廃棄物削減への取り組みとはある意味で矛盾する一面を抱えている。