チェーンによって対応は多少異なるが、商品仕入については、基本的に本部の指定業者からの指定商品のみに限られる。仕入代金の決済は本部が代行する。

商品の発注は電子的に行われ、おおむね翌日ないし当日の夜に納品される。毎日納品されるものもあれば週3回程度納品されるもの等がある。デリカ類・パンなどは1日に複数回納品される。以前は納入業者がそれぞれ納品をしていたが、環境問題への配慮などから共同配送や温度管理の異なる商品の混載が進み、納品するトラックの便数は減る方向である。なお、納品に使用されるトラックは2トントラックや3トントラックの部分冷凍機能を持つ冷蔵車が中心で、コンビニ向け仕様の有蓋荷台が使用されている。なお、食品以外については同サイズの一般的な有蓋車も使用される。また、雑誌類・新聞類は大半が専門業者によって配送されており、車両については運送業者・地域などで差異が見られる。公営競技の予想紙などではバイク便が用いられる地域もある。

情報システム面ではPOSシステムを利用し、売れ行き情報などを管理・分析する事で売れ行き商品を的確に把握し、季節・天候・地域性・客層・流行を調査、限られた店舗内で最大売上を挙げられるよう仕入の効率化を追求している。特に500ml入りペットボトル飲料に関しては、様々なメーカーより多種多様な新規製品が発売・投入されるが、それらを限られた店舗内に取り揃える事は不可能であるため、POSデータによる分析で長くても1ヶ月以内に売れ筋か廃れる商品かを判定され、商品入れ替えが激しく行われている。これにより市場で生き残る清涼飲料水は0.1％程度である<ref>日経新聞2003年7月13日付</ref>。

コンビニの各店舗にはフランチャイザーから担当社員が定期的に巡回しており、また、POSシステムの情報機能なども活用して需要予測などの情報提供や仕入の指導を行うが、どの商品を・どれだけ・いつ仕入れるかなど、仕入の判断は各店舗のオーナーの権限と責任とされている。その判断が正しければ店舗の売上増となるが、需要を読み違えれば品切れとなり売上が伸びなくなったり、あるいは仕入量が多過ぎて商品が期限切れとなると、後述する様に商品ロスはその店舗・経営者が被ることになる。

一般的に店舗が独自で仕入・販売を行う場合には、所定の手続と本部の事前承認が必要となっており、極めて限定的なものになっている。

なお、一部の店舗が独自に仕入れて取り扱う事がある商品の例としては、以下の様なものが挙げられる。

• 極めて限られた特定の地域のみで販売・消費される特産品・名物・食品<ref>つまり、店舗所在の地域では一定の需要が確実にあるが、全国・全県レベルで見れば、本部が扱っても割に合わない商品ということである。</ref>
• 地元地域でロケーション撮影やロケーション・ハンティングを行ったり、地元地域に題材や映像素材を求めた映画・テレビドラマ・テレビアニメなどの関連グッズ
• 店舗の近隣で開催される公営競技の予想紙（競輪新聞・地方競馬の競馬新聞<ref>中央競馬関連の予想紙については、販売される範囲が広範である為、コンビニエンスストア側のシステムで用意されている。</ref>など）

また、地域での祭礼・イベントの開催時には、来店客数の一時的な増加を見込んで、過去のPOSデータなどを参照してデリカ類・ドリンク類の仕入量を一定期間のみ大幅に増加させるなど、状況に応じて臨時の対応が必要になる。それにより入荷した商品を全て売り切る事ができれば通常よりも大きな利益となるものの、やはり仕入量の判断・在庫管理はより難しいものとなる。特に数万人からそれ以上が訪れる様な特に大規模なイベントの場合、イベントの変化による来場者数の大幅減少が起きたり、あるいは急な中止・会場変更などの情報収集を怠った場合、以前のデータを根拠に大量に仕入れた大量のデリカ類がそっくりそのまま売れ残り、店舗経営に打撃となる程の莫大なロスになってしまったり、さらには屋外イベントでは開催が天候に左右されるものもあるなど、ある種のリスクが伴う事もある。この様なイベント時の仕入対応はケースバイケースであるものの、オーナーと指導するフランチャイザー社員の情報収集能力と経営・仕入の感覚が問われる事になる。