コンビニエンスストアの店舗の一部には、チェーン本部や地区事務所が自ら経営する直営店舗が存在する。ただし、チェーンの店舗全体から見ればごく少数で、事実上は例外的ともいえる存在である。

大手チェーンの直営店は、

これらが多く、特に5や6のケースでは他の経営者に経営が委譲されるか閉店するまでの一時的措置であることが多いが、実際には大半のケースで事態の発生を理由に短期間ないし即時に閉店となる<ref>オーナーが店舗に不在となった場合、フランチャイザー社員によって閉店への手続が代行される事も見られる。</ref>。実際に本部が一時的な直営化を行ってでも維持するのは、ドミナントや経営戦略などの観点で重要な立地にある店舗に限られる<ref>優れた立地の場所だと、撤退した跡地に競合する他チェーンのコンビニ店舗が程無く出店してくる事態も当たり前に起き得るためである。</ref>。