日本では、イスラム教が一般ではなく、信者数も少ない。しかし、中東出身者を中心に信者がおり、その数は日本全国で7万人とされる。

日本にイスラム教がもたらされたのは、明治維新後の開国の時代に入ってからである。日本に滞在したロシア人やインド人、トルコ人などの中には、イスラム教を信仰する者が少数ながら存在し、彼らからもたらされたと考えられている。特に、ロシア革命で祖国を離れたカザフ人が、日本のイスラームに大きな役割を果たした。

日本には、古くからモスクもあった。1931年に日本国内初のモスクとして愛知県名古屋市に建設されたに名古屋モスクを始め、兵庫県神戸市中央区の神戸モスクや、東京都渋谷区にあるトルコ系モスクの東京ジャーミイ（当時は東京回教学院）などは歴史が古く、有名である。その他にも、多くの定住者や改宗者のためのモスクが存在する。また、新来のムスリム在住者のためのモスクも非常に多い。

日本に居住するイスラーム教徒の一部には信教の自由などを否定するものもおり、問題視されている。日本語で書かれたイスラーム教徒向けのホームページの一部にもそのような内容が書き込まれていることがある。<ref>イスラーム国家、その本質と特色　ここではイスラーム国家における差別を完全に正当化・賛美しており、非ムスリムは最低限の人権の保障のみで満足するべきであると主張されている</ref>

しかし、無論すべてのムスリムがそうであるわけではなく、信教の自由や民主主義を重んずる人々も少なくない。これは他の東アジア諸国や西ヨーロッパ、アメリカなどでも同様である。また、イスラームのみならず、キリスト教など他の宗教でも、異教徒とことさらに敵視する人間は少数ながら存在し、類似事例もある。

欧米同様、日本でも、上述のような一部のイスラーム教徒の意見を過剰に取り上げ、イスラームをカルト宗教であるかのように見なす偏見が根強く存在しているとも批判されている。また、一般の日本人はイスラームやその信者と関わる事が殆ど無いので、誤った情報を訂正する機会もなかなか無いという問題がある。