ジハードの名における軍事行動そのものだけでなく、それを律するイスラーム戦争法もまた、摩擦の種となることがある。

上にもあるようにイスラーム戦争法では女性捕虜の強姦は合法であり、勝利者であるイスラーム戦士の正当な権利として認められる。

また現代の国際法では捕虜とした兵士を処刑する場合、正当な理由があり且つ裁判等の定められた手続きを踏まなければならないが、イスラーム戦争法ではそのような理由や手続きがなくとも司令官の一存で捕虜を処刑することが許されている。しかしこれはあくまで許されているだけであり、義務ではない<ref>マーワルディー著『統治の諸規則』「第12章 ファイとガニーマの分配について」(湯川武 訳)慶應義塾大学出版会, 2006年5月 p.312-。『イスラム世界』27･28号, 社団法人日本イスラム協会, 1287.3. p.43-66.</ref>。

そして民間人の捕虜であっても健康な成人男子ならば、戦闘員の捕虜と同様に取り扱うことが認められており、したがって司令官の判断による処刑も合法である。2004年に起こったイラクの日本人青年人質殺害事件では、人質となった青年は旅行者で戦闘にまったく関わりを持たない民間人であったが、日本のイスラーム法研究者の中田考はこの規定の存在を指摘して、イスラーム戦争法では当該青年の殺害は合法であると述べた<ref>東京新聞特報2004年11月1日付け</ref>。