熊本県内の地域輸送を担う区間で、快速列車の設定が無く普通列車のみで、主に815系や817系でワンマン運転される（朝と夕方および博多方面直通列車では415系で運転される列車がある）。日中の普通列車は鳥栖駅まで乗り入れる列車が多い。

また、ワンマン運転の普通列車（2両編成）の乗車方法であるが、2006年（平成18年）3月17日まで有人駅での営業時間外の停車時および無人駅に関しては、前の車両のドアのみ開き（中扉は開かず・後ろ乗り前降り）、乗車時には整理券を取る必要があったが、翌3月18日のダイヤ改正後より、すべての駅で列車のホーム側のすべてのドアから乗り降りできるようになった。

ただし、田原坂駅は乗車券の券売機が設置されていないため、乗車方法が異なる。

2008年3月15日のダイヤ改正から肥薩おれんじ鉄道線より快速「スーパーおれんじ」が土日祝日などに出水 - 熊本間で2往復、肥薩おれんじ鉄道に所属する単行の気動車で直通運転されている。