こうした流れに加えて、グルジア国内の民族問題も両国の対立に拍車を掛けている。コーカサス地方は古くから無数の民族が入り乱れる不安定な地域であり、近代に成立したに過ぎない）・反ロシア路線の双方から一連の動きに激しく反発している。

2006年9月27日・28日には、グルジア国内に駐在していたロシア軍将校6名をグルジア軍がスパイ容疑で拘束する事態が発生、ロシア政府が抗議としてグルジアに対するビザ発給停止や国境線の封鎖等の報復を取る事態が発生している。更に2008年にはグルジア軍が南オセチアに展開するロシア軍主体の停戦監視部隊に攻撃を仕掛け、兵器を強奪する行為を起こした。グルジア政府は「ロシア軍の停戦部隊は独立派を支援しており公平ではなく、EU部隊との交代を行うべき」と発言しているが、ロシア軍駐留に関しては当のEU側も賛同する意向を示している。