旅団への改組に際し、航空科部隊である第12飛行隊を第12ヘリコプター隊に改組した。第1飛行隊を北宇都宮駐屯地、第2飛行隊を相馬原駐屯地に配置しており、駐屯地内の飛行場から展開が可能である。

第12師団時代には戦車部隊として、第12戦車大隊を保有していたが、改組に伴い廃止された。これは、第12旅団は空中機動力を活かしてヘリボーンにより全国に緊急展開することが求められるため、ヘリコプターに搭載できない戦車部隊を廃止したものである。

第12旅団の担当地域は山岳地帯が多く、特に、松本駐屯地に駐屯している第13普通科連隊は日本アルプスの防衛を担当しており、「山岳連隊」としても有名である。第12旅団における戦車の未配属、ヘリコプターによる空中機動力強化は、山岳地帯での展開、戦闘においてヘリコプター装備は戦車装備より役に立つとの判断による。新潟県中越地震では、大勢の被災者の災害救助に、早速その機動力が発揮された。