本作の冒頭で主人公の仲間になるピカチュウには以下のような特徴がある。なお本作において、ピカチュウは最初に仲間になるもの以外、「赤･緑･青」と違って野生では出現しない。

• 主人公が手に入れたピカチュウはアニメ版と同様に、モンスターボールには入らず主人公の後ろに付いてくる。
• 移動中はいつでも話しかけられる。プレイヤーの行動次第で上下する「ごきげん」や「なつき度」、そのほかイベントによって表情が変化する。「なつき度」の要素が組み込まれた初めてのポケモンである。その他のポケモンはポケットモンスター 金・銀以降。
• アニメ版のピカチュウの声優である大谷育江の声がゲーム内ピカチュウの鳴き声として用いられている。状況に応じて何種類もの声が聞ける（その他のポケモンは従来の作品同様である）。
• 「かみなりのいし」を使ってライチュウに進化させる事は出来ない。やはりアニメ版のエピソードに由来。
  • 通信で他のデータに転送すれば進化させる事は可能だが、その場合元のデータに戻してもそのライチュウは普通のポケモンと同じ扱いである。
• 『ポケモンスタジアム2』『ポケモンスタジアム金銀』でこのピカチュウを使用すると、鳴き声が大谷育江の声になる。通常のピカチュウの場合は他のポケモン同様、リアルにアレンジされた従来通りの鳴き声となる。また、「なみのり」で使われるサーフボードのデザインも違う。
• 本作では表示・効果ともに無いが、「でんきだま」（ピカチュウの特殊攻撃力を2倍にするアイテム）を持っていることが『金・銀・クリスタル』バージョンに送ることで明らかになる。
• これらの特徴は、オーキド博士からもらったピカチュウのみの特徴。通信で他のピカチュウを送り込んでも普通のポケモンと同じ扱いである。

わざ「なみのり」を覚えたピカチュウ（本作で仲間にしたピカチュウである必要はない）が必要な隠しミニゲーム『ピカチュウのサマービーチ』がプレイできるほか、フィールド上でなみのりを使用するとサーフボードに乗ったピカチュウの姿で水上を移動できる。通常、ピカチュウは「なみのり」を覚えられないので、タイアップキャンペーンや『ポケモンスタジアム』のボーナスイベントを利用する必要がある（サーフボードに乗るアクションは後続作にも引き継がれた）。

同時期に「なみのりピカチュウ」と同じように「そらをとぶピカチュウ」というものも取り上げられたが、こちらはキャンペーン配布のみでゲーム内で手に入れることは出来ず、ミニゲームにも関連しない。ちなみにオープニングデモでは波に乗ったり風船で空を飛んでいるピカチュウの姿を見ることができるが、実際にこれらの技を覚えていても、ゲーム内ではあくまでも普通の「ピカチュウ」として扱われる（本編ゲームにおいては後続作でも風船に乗るアクションは見られない）。