『赤・緑』のマイナーチェンジ版。当初は限定生産品として企画されたが、人気のため増産されコンビニエンスストアのローソン限定販売などを経て、一般発売された。『青』というタイトルは、『赤・緑』のパッケージには選ばれなかったカメックス（リザードン・フシギバナと同じく、最初にもらえるポケモンの進化系）の「みず」のイメージカラーを表現したもの。このソフトに限り、小学館のクレジットが入る。

『赤・緑』からの主な変更点として、ポケモンの出現率が『赤・緑』のいずれとも異なることが挙げられ、特に『赤・緑』ではノンプレイヤーキャラクターとの交換でしか手に入らなかったポケモンが出現するようになっている。またポケモンのグラフィックがほぼ全て描き換えられ、図鑑の説明文も異なる。他にはノンプレイヤーキャラクターとのポケモン交換イベントが一新されていたり、一部ダンジョンの地形が変更された。フィールドマップのグラフィックも若干書き換えられ、オープニングシーンも変更されている。

国外版の『赤・青』（『赤・緑』に該当する）バージョンは、グラフィック面ではいずれも日本版の『青』がベースとなっている。セリフ等も基本的には『青』の直訳のため、『赤・緑』と『青』の間で変更された点においては不自然なメッセージが流れる箇所がある（例えば前述のポケモン交換イベントにおいて、ポケモン名こそ差し変わっているが、交換後に起こるある変化を考慮していない）。

当初は小学館の「月刊コロコロコミック」「学年誌」「ゲーム・オン!」誌上での独占通信販売という形であったが、数万もの注文が寄せられて小学館での処理作業がパンクし、購入希望者から多数のクレームがきたという。当時既に、ポケモンの人気が送り手も把握できないほどに膨れ上がっていたための事態である。このため一般発売されるまでの一時期、中古相場が高騰し、1万円以上で取り引きされた場合もあったという。