戦国時代中期の1513年、三河で生まれたという（甲斐国谷村など、異説もある）。その後、陸奥国で仏門に入り、出羽（鹿島ともいう）で修験道を学び、また田代三喜、玉鼎らより李朱医学（当時の明からもたらされた漢方医学）を修め、信濃・甲斐に移り住み、国主であった戦国大名武田信虎・信玄父子二代の侍医となったと言われる。武田信虎の領国追放後は信濃国諏訪に住み、武田家滅亡後は東海・関東諸国を巡り、貧しい人々に無料で薬を与えたり、安価で診療を行ったとされる。伝承に拠れば彼は首から薬袋を提げ、牛の背に横になって諸国を巡り、どんな治療を行っても報酬として16文（18文ともいう）以上の金額を受け取らなかったと伝わり、「十六文先生」とも称されたらしい。

本草学にも通じ、103歳の頃に甲斐における葡萄栽培法の改良（ぶどうの棚架け法）も行ったとする伝説もある（参考「甲州」）。江戸時代に入ったのち、将軍徳川秀忠の病を治癒し、その際も報酬を受けずに立ち去ったと言われるなど、その人生は謎と伝説に包まれている。1630年に死亡。享年は118。記録が正確ならば当時としては驚異的な長寿である。晩年は現在の長野県岡谷に居住したと伝えられ、同地に墓碑が存在する。著書に『梅花無尽蔵』、『徳本翁十九方』などがある。