機関とは、学校や病院等の、部隊を維持運営するための業務を担う組織である。 陸上自衛隊では、職種別の学校や地域別の補給処等が置かれている。

• 陸上自衛隊幹部学校 - （目黒区：目黒駐屯地）
• 陸上自衛隊幹部候補生学校 - （久留米市：前川原駐屯地）
• 陸上自衛隊富士学校 - （駿東郡小山町：富士駐屯地）
  • 富士教導団
• 陸上自衛隊高射学校 - （千葉市若葉区：下志津駐屯地）
• 陸上自衛隊航空学校 - （伊勢市：明野駐屯地）
  • 霞ヶ浦校 - （土浦市：霞ヶ浦駐屯地）
  • 宇都宮校 - （宇都宮市：北宇都宮駐屯地）
• 陸上自衛隊施設学校 - （ひたちなか市：勝田駐屯地）
• 陸上自衛隊通信学校 - （横須賀市：久里浜駐屯地）
• 陸上自衛隊武器学校 - （稲敷郡阿見町：土浦駐屯地）
• 陸上自衛隊需品学校 - （松戸市：松戸駐屯地）
• 陸上自衛隊輸送学校 - （練馬区：朝霞駐屯地）
• 陸上自衛隊小平学校 - （小平市：小平駐屯地）
• 陸上自衛隊衛生学校 - （世田谷区：三宿駐屯地）
• 陸上自衛隊化学学校 - （さいたま市北区：大宮駐屯地）
• 陸上自衛隊少年工科学校 - （横須賀市：武山駐屯地）
• 陸上自衛隊研究本部 - （練馬区：朝霞駐屯地）
  • 開発実験団 - （駿東郡小山町：富士駐屯地）
• 陸上自衛隊補給統制本部 - （北区：十条駐屯地）
  • 陸上自衛隊北海道補給処 - （恵庭市：島松駐屯地）
  • 陸上自衛隊東北補給処 - （仙台市宮城野区：仙台駐屯地）
  • 陸上自衛隊関東補給処 - （土浦市：霞ヶ浦駐屯地）
  • 陸上自衛隊関西補給処 - （宇治市：宇治駐屯地）
  • 陸上自衛隊九州補給処 - （神埼郡吉野ヶ里町：目達原駐屯地）

正しくは学校及び研究本部、補給統制本部が防衛大臣直轄機関、補給処は方面直轄の機関である。（補給処が補給統制本部の統制に従うのは業務上の統制である。自衛隊法第26条第5項に明記）

以下は三自衛隊共同の機関である。

• 自衛隊体育学校 - （練馬区：朝霞駐屯地）
• 自衛隊中央病院・自衛隊地区病院（自衛隊札幌病院・自衛隊仙台病院・自衛隊富士病院・自衛隊阪神病院・自衛隊福岡病院・自衛隊熊本病院・自衛隊別府病院は陸上幕僚長の指揮監督を受ける病院である。）
• 自衛隊地方協力本部

その他、陸海空自衛隊それぞれの機関として捕虜収容所を臨時に設置できることを定めている（自衛隊法第24条第3項）。