退役したYS-11の一部は国内各地の博物館などに寄贈され、静態保存され展示されている。みちのく北方漁船博物館展示機は、元日本エアコミューターの機体だったが、日本エアシステムの塗装で展示されている。電車とバスの博物館のYS-11は、1988年1月10日に事故を起こした機体の前頭部コクピット付近のみのカットボディ。東亜国内航空塗装でフライトシミュレータとして使用されている。

• 試作1号機
  • 千葉県山武郡芝山町（成田国際空港に隣接）航空科学博物館（展示開始 1989年8月）
• 元エアーニッポン機
  • 岐阜県各務原市 かかみがはら航空宇宙科学博物館（展示開始 1996年）
  • 埼玉県所沢市 西武新宿線航空公園駅東口駅前広場（管理は所沢航空発祥記念館）（展示開始 1997年）
  • 香川県高松市香南町 さぬきこどもの国（展示開始 1998年）
  • 佐賀県佐賀郡川副町 佐賀空港 （展示開始 1998年）
  • 兵庫県豊岡市 但馬空港 （展示開始 1999年）
• 元日本エアコミューター機
  • 青森県青森市 みちのく北方漁船博物館（展示開始 2003年）
  • 青森県立三沢航空科学館（展示開始 2003年）
  • 神奈川県川崎市宮前区 電車とバスの博物館