海外機を導入した国土交通省航空局・海上保安庁に対し、防衛省では機体年齢40年を迎えるYS-11の後継機計画について、ほとんど公表していない。海上自衛隊は一時期、後継機としてATR 72、DHC-8 Q400、C-130J等が挙げられたが、その後白紙になった。

三菱重工業と経済産業省は、両者が開発を推進している新型航空機（環境適応型高性能小型航空機：当時MJ、現MRJ）の採用を目指しており、2006年（平成18年）5月31日に開催された、経済産業省主催の民間機開発推進関係省庁協議会において、三菱はMJ開発状況についての説明を行ったが、この時点でYS-11を業務運用している防衛庁・国土交通省・海上保安庁に対して、MJの採用を要望した。これに対して各省庁は「ニーズが合えば購入する」との認識を示したことから、官公庁ではMRJの開発経過を観察しながら、後継機選定を行うものと思われる。なお、防衛省航空幕僚監部では4機のYS-11EBの後継として、次期輸送機かC-130輸送機の改造型も検討している。一方、海上保安庁は2006年（平成18年）11月に後継としてDHC-8 Q300を3機発注、航空局では同年12月にすべて海外機に置き換えられた。