YS-11の軍用機的性格が良い方に働いた例として、機体の頑丈さが挙げられる。航空先進国であった欧米では、民間輸送機開発に際してすでに耐用年数などを踏まえた合理的な機体設計を行うようになっていたが、YS-11は戦後日本で初の本格的旅客機であるため、安全率を過大なまでに確保していた。主翼については約19万飛行時間、胴体は約22万5千時間に相当する疲労強度試験を行っている。東京・調布市にある航空宇宙技術研究所（NAL, 現JAXA）では26ヶ月にわたり大きな水槽の中に胴体を沈め、内圧をかけたり抜いたりを繰り返す胴体強度試験を行った（コメット連続墜落事故の検証で使われたものと、ほぼ同じやり方である）が、9万時間までどこも損傷することはなかった（最終的に試験装置の方が損傷し、終了した）。

だが頑丈さは重量増加という欠点にもなって跳ね返ってきた。近代旅客機の常道通りに総ジュラルミン製のモノコック構造であるが、強度重視で重量過大となり、出力の限られたエンジンに対しては重すぎる機体となった。元テストパイロットの沼口正彦は退役後のインタビューにおいて「YS-11はパワー不足が目立った」とも語っている。YSの出力不足は、沼口に限らず多くのパイロットから指摘されている弱点である。全日空の機長としてYS-11に乗務したことがある内田幹樹はその著書『機長からアナウンス』で「最初はあまりのパワーのなさに驚いた」「飛行機マニアに今でも人気が高いようだが、これはまったく理解できない」と酷評しており、後述するようにオートパイロットが無いことなども含めて、実際に操縦したパイロットからの評価は決して高いものではない。

操舵系統には戦後主流になりつつあった油圧を使わず、操縦桿と動翼をケーブルにより直接つなげており、自動操縦装置もなく（後に一部機体にはオートパイロット装備）、ほとんどを人力で動かしているために、沼口正彦はYSを「世界最大の人力飛行機」と評している。信頼性確保と軽量化を目的としての人力操舵採用であったが、当然の結果として操縦に力を要し、パイロットからの評価を下げる一因となった。

保存機のうちで量産1号機にあたるJA8610は国立科学博物館によって羽田空港の全日空東京第一格納庫に保存されているが、YS-11の保存機のなかでも唯一の動態保存で、現在展示こそされていないものの、定期的にエンジンを動かし「YSの頑丈さを証明し、100年先も飛べるYSとして保存する」と言ったコメントを出している<ref>雑誌『月刊エアライン 9月号別冊付録』 2001年 イカロス出版</ref>。

機齢が40年を超えた機体も現れ始めたが、自衛隊や海外のエアライン等では現在も使用され続けている。航空大国アメリカでは「日本製の飛行機」「ロールス・ロイス製エンジンを搭載した飛行機」「ピードモンド航空が使っていた飛行機」という形で知られている。