機体の設計者たちは戦前に軍用機づくりに携わってはいたが、旅客機の設計をしたことの無い（乗ったことも無い）者がほとんどであった。このため設計には軍用機の影響が強く、信頼性と耐久性に優れる反面、騒音と振動が大きく居住性が悪い、（後述する理由で）操縦者に対する負担が大きいという、民間旅客機でありながら軍用輸送機に近い性格の機体となってしまった。安定性・快適性・経済性が重視される民間機としては不満があり、運用する航空会社側からは、非常に扱いにくいという厳しい評価を受けた。

それでも日本の航空業界側は「日本の空は日本の翼で」という意識のもと、改修に改修を重ね、機体を実用水準に高めた。航空業界によって使える機体となったとも言える。やがて東亜国内航空では海外に輸出された機体を購入しなおすなど、YS-11に対する信頼性は大いに上がった。