定期運航に処する航空機体への空中衝突防止装置（TCAS）の装備を義務づけた航空法改正により、改修経費の関係で2006年（平成18年）9月30日のラストフライトをもって日本国内の民間定期路線より引退した。

日本国内の民間定期路線のYS-11の最終便は、だけである。

沖永良部空港では地元の踊り子によるエイサーで最終便を送り出し、鹿児島空港到着時には空港消防団によるウォーターアーチと、ファイナルフライトの到着後に引退記念セレモニーが行われ、多くのパイロット、整備士、客室乗務員をはじめとする日本エアコミューターの社員、元日航製の社員などが多数出席し引退を惜しんだ。セレモニーには日本中のテレビや新聞、雑誌の取材が殺到し、ファイナルフライトと引退セレモニーの記事が多くの新聞の一面を飾った。

これらの9月30日のファイナルフライトに使用された機体はJA8766とJA8768。JA8768は徳島から福岡への飛行後に鹿児島へ、JA8766が最後の沖永良部への最後フライトを行った（ちなみにこの機体は「レッド&グリーン塗装時代」には「とくのしま」（つまり隣の島）の愛称がついていた）。また、この機体の操縦桿を握ったのは航空雑誌やJACからも「ミスターYS」の愛称で親しまれていた本村栄一で、総飛行時間2万時間以上のうち23年間をYSに捧げた人物であった。彼もこのフライトを最後に引退した。奇しくもYSの座席数と同じ64歳での出来事であった。運航終了後のYSについて保存の声も根強かったものの、機体性能には問題なく、十分に現役で飛べるため、二機ともフィリピンへ売却された。

民間定期路線のYS-11最終便となった、日本エアコミューターの沖永良部空港発鹿児島空港行は2006年（平成18年）7月30日の発売開始から3分で完売した、しかしその後インターネットオークションに『2006年（平成18年）9月30日・日本エアコミューター・沖永良部発鹿児島行YS-11最終便搭乗券』1枚が出品されるという出来事があった。インターネットオークション運営会社と航空会社側が協力してインターネットオークションから「強制削除」され、出品された搭乗券は「無効扱い」とされた。なお出品時の価格は「10万円」だったと言われている。

引退後の2007年（平成19年）8月には新幹線0系電車などと共に機械遺産に制定されている。