機種名であるYS-11の「YS」は輸送機設計研究協会の「輸送機」と「設計」の頭文字「Y」と「S」をとったもの。一方、「11」の最初の「1」は搭載を検討していたエンジンの候補にふられた番号で、実際に選定された「ダート10」の番号は「1」であった。後ろの「1」は検討された機体仕様案の番号で、主翼の位置や面積によって数案が検討されていた。機体仕様案の中には第0案もあった。

こうした命名の経緯もあって、当初、関係者のあいだでは「ワイエス・いちいち」と呼ばれていたが、いつしか、「ワイエス・じゅういち」と呼ばれるようになった。