イージス武器システム (AWS) は高度な自動化システムであり、下記の3つのモードを基本としている。

1. 手動モード

目標捜索から脅威度判定、攻撃指令からミサイル攻撃までのすべてのステップを、オペレーターが手動で行う。

2. 半自動モード

目標捜索から脅威度判定、攻撃指令からミサイル攻撃までのステップのうち、攻撃指令のみをオペレーターが行い、それ以外は全自動で実行される。

3. 自動モード

オペレータが事前に入力した「距離パラメータ」に基づいて、指揮決定システム（C&D）が状況を判断して、攻撃指令を発する。実際の交戦に至ったとき、人間の関与は不要である（途中で割り込んで制御することはできる）。

通常の運用においては、2の半自動モードが採択されることが多い。手動モードは、各システムの運用試験、あるいは厳格な統率が必要な局面において使用される。また、いくつかのフィクション作品<ref>キース・ダグラス『ハルマゲドン・モード』、かわぐちかいじ『ジパング』など。</ref>においては、全自動モードのことを「ハルマゲドン・モード」と称するが、実際にこのような呼称が行われているかは不明である。