スタンダード艦対空ミサイルによる攻撃を直接になうのが射撃指揮システム（FCS）で、現在に到るまで一貫してMk99が用いられている。スタンダード艦対空ミサイルは、慣性誘導・指令誘導に従って飛翔したのち、最終的にセミ・アクティヴ・レーダー・ホーミングによって誘導されて目標を撃破するが、このときに目標の捕捉を行なうイルミネーターであるSPG-62も、Mk99射撃指揮システムの一部を構成している。