統合幕僚長は自衛官の首席（階級章は陸海空各幕僚長たる将と同じ4つ星）であり、自衛隊の運用に関し一元的に防衛大臣を補佐し、統合幕僚監部の所掌事務に係る大臣の指揮命令は全て統合幕僚長を通じて行う（統合幕僚監部の所掌事務に係らないものは従来通り陸海空各幕僚長を通じて行う）。

統合幕僚監部の設立前は統合幕僚会議の長として統合幕僚会議議長（とうごう-ばくりょう-かいぎ-ぎちょう）または略して統幕議長（とうばくぎちょう）が置かれていた。

2006年3月27日、「統合幕僚会議」は「統合幕僚監部」に改編され、統合幕僚会議議長も統合幕僚長となり権限も強化された。最後の統合幕僚会議議長は、元陸上幕僚長の先崎一（まっさきはじめ）陸将（2004年8月30日就任）である。

なお、統合幕僚長・統合幕僚会議議長ともに自衛官の最上位であるため、その後職はなくいずれも退職となっている。（末代議長の先崎陸将は除く）