2002年（平成14年）9月の日朝首脳会談以降、月1～2回の頻度で公安調査庁長官が総理官邸を訪れ、首相に重要情報を報告している。首相動静等を確認する限り、報告は定期的に行われているようであり、官邸筋も同庁の情報に一定の評価を与えていることが推察される。外務省、防衛省などと異なり、政策立案・実施に関与しないため、各省庁から中立的な立場で情報の分析ができるという強みもある。

以前から“リストラ官庁”と揶揄され、内閣情報調査室との統合も取り沙汰されてきた同庁であったが、テロの脅威の増大、北朝鮮による日本人拉致問題の顕在化によって活動がクローズアップされつつある。