情報収集の手法として、監視・尾行のほか、対象団体の関係者を協力者（スパイ）として勧誘し、内部の情報を探るという手法（ヒューミント）をとり、シギント（コミント（通信傍受・暗号解読）、エリント）などの技術的手段は行っていない。

職員は、その特殊性から、所属・職名（場合によっては氏名）を偽って活動することが多い。（公安調査官を参照）

1999年（平成11年）12月、元日本経済新聞記者）。

また、2003年（平成15年）には、元オウム真理教信者で公安調査庁の協力者であったとされる女性が北朝鮮に“亡命”していた事実が判明するなど、時折、諜報活動の得体の知れなさを窺わせる事件が明るみに出ている。