※1952年以前については内務省の項を参照

公安調査庁は、1952年（昭和27年）7月、破壊活動防止法の施行と同時に、法務府特別審査局を発展的解消する形で設置された。特別審査局は、「秘密的、軍国主義的、極端な国家主義的、暴力主義的及び反民主主義的な団体」を取り締まる目的で制定された「団体等規正令」を所管しており、同政令が後の破壊活動防止法の基礎となった。同庁の設置には、戦後、公職追放されていた陸軍中野学校、特別高等警察、旧日本軍特務機関の出身者が参画したとされる（逆コース）。

破壊活動防止法は、当時、武装闘争路線をとり、「山村工作隊」、「中核自衛隊」などの武装組織建設を進めていた日本共産党に対する規制を念頭に制定された。そのため、同党は、現在でも破壊活動防止法の調査指定団体となっている。1961年（昭和36年）には、元旧軍将校らが画策したクーデター未遂事件（三無事件）で、同法で有罪となった初事例（個人適用）となった。

1994年（平成6年）から1995年（平成7年）にかけて松本サリン事件や地下鉄サリン事件などを起こしたオウム真理教（現アーレフ）に対し、破壊活動防止法の解散処分請求が行われたものの、1997年（平成9年）1月、公安審査委員会が同法の要件を満たさないと判断して適用は見送られた。

その後、再びアーレフの活動が活発になったことから、1999年（平成11年）12月、破壊活動防止法の適用要件を柔軟にした「無差別大量殺人行為を行った団体の規制に関する法律」が施行された。公安調査庁は、同法に基づき、アーレフ施設の立入検査を継続している。