にある駅を除く。括弧内は豊橋駅起点の営業キロ。軌道線時代の廃駅は伊那電気鉄道を参照。

• 1951年廃止
  • 遠山口駅 : 平岡 - 為栗間 (95.1km)
• 1943年廃止
  • 我科停留場 : 為栗 - 温田間（100.9km付近）
  • 開善寺前停留場 : 川路 - 時又間 (118.4km)
  • 伊那赤坂停留場 : 飯島 - 田切間 (159.1km)
  • 入舟停留場 : 伊那市 - 伊那北間 (178.4km)
  • 西町駅 : 宮木 - 辰野間 (195.3km)
• 1923年廃止
  • 音徳寺坂停留場 : 赤木 - 沢渡間（172.3km付近）
  • 唐木停留場 : 沢渡 - 下島間
  • 小黒停留場 : 下島 - 伊那市間
• 1918年廃止
  • 駒ヶ原停留場 : 大田切 - 宮田間（168.0km付近）