これまでも書いたように、路線変更後の新線沿線となる水窪川沿岸は、右岸（天竜川とを隔てる山系）に中央構造線、左岸に天竜川断層と2つの断層地帯に挟まれた部分を通っており、飯田線付け替え線建設工事に際してもこれらの断層地帯に起因した不安定な地盤に悩まされた。