鉄道事業法上の鉄道駅として中心となる豊橋駅は花田町にあり、全国初の民衆駅である。 市内の鉄道は、東海旅客鉄道（JR東海）、名古屋鉄道（名鉄）、豊橋鉄道の三社によって運営されている。

東海道新幹線が停車し、市内及び、周辺都市への玄関口となっている。 飯田方面にはJR東海飯田線が、田原方面には豊橋鉄道渥美線が伸びている。市内には豊橋鉄道の路面電車（東田本線）（軌道法適用の併用軌道）が走っており、旧吉田城下（豊橋公園前駅・市役所前駅）と豊橋駅・新豊橋駅ができたかつての渥美郡花田村（駅前駅）を結んで市民の足として親しまれている。