現在の豊橋市域内の在地有力勢力は、八名郡石巻の西郷氏（岡崎の三河守護代西郷氏と同族）のみ。しかしながら、交通の要衝のこの地に目を付けた戸田全久（宗光）が二連木城（豊橋市仁連木町）を築城（1493年）、その後、西方の至近距離に、牛窪城（豊川市）の牧野古白（成時）が今橋城（豊橋市今橋町）を築城した（1505年）。

また、この当時、東三河に今川氏の影響力が及んでおり、北条早雲を総大将とする今川軍が、三河国に侵攻したが、松平長親の前に敗北している。

やがて、西三河をまとめた松平清康が東三河に侵攻、吉田城に篭る牧野信成、宇利城に篭る熊谷氏が防戦したが、他の東三河の勢力も清康に降参し、ここに初めて、松平家による三河国統一が実現される。

しかしながら、守山崩れによって松平清康が横死したため、三河国は大混乱に陥り、東から今川義元、西から織田信秀が侵攻し、三河国は近隣国の植民地化する。松平氏は、今川氏の傘下となる。

1560年（永禄3年）桶狭間の戦いで今川義元が織田信長に討たれると、徳川家康は岡崎城に入城し、今川氏真を見限って独立を宣言。1565年（永禄8年）3月に吉田城が開城し、所属の今川軍と主将小原鎮実は遠江国に撤退した。家康は、重臣の酒井忠次を吉田城に入城させ、東三河の旗頭となした。そして、翌1566年（永禄9年）5月には牛久保城（豊川市）に残存勢力を結集していた牧野氏などの土豪なども家康の降伏の勧めに応じて、三河国は家康によりほぼ統一された。

1590年（天正18年）、徳川家康が駿府から江戸に遷ると、池田輝政が吉田城主（15万2千石）となり、城の拡張や城下町の形成、吉田川（豊川）への吉田大橋（現在の豊橋）の建設（酒井忠次による土橋から木橋へ）などが行われた。