江戸時代までとの大きな違いは国司を廃止したことであり、国司廃止によって名実共に行政的な地理区分ではなくなってしまった。

1869年1月19日（明治元年12月7日）、戊辰戦争（東北戦争）に敗戦した奥羽越列藩同盟諸藩に対する処分が行われ、明治政府は陸奥国を磐城国・岩代国・陸前国・陸中国・陸奥国 (1869-) の5国に、出羽国を羽前国・羽後国の2国に分割した。戊辰戦争（箱館戦争）終結後の1869年9月20日（明治2年8月15日）には北海道 (令制) を設置し、道内に11国を新設した。薩摩藩の付庸国であった琉球国が令制国と見なされた時期については不明。琉球国まで含めると、この時点で全国の令制国の数は85国となる。

1871年8月29日（明治4年7月14日）の廃藩置県により、藩から府県に地方の行政組織（統治機関）が替わったが、府県名が定着するまで住所の記載などの際に令制国名はその後も使用された。なお、現在の北海道と沖縄県については、廃藩置県や道府県設置の経緯が異なるので、各記事を参照。

までは北海道において令制国の範囲改定が行われたりしていたことから少なくともこの年までは制度上も用いられていたが、それ以降領有した台湾・朝鮮などの外地に新たな令制国は設定されなかった。

法令による廃止はされていないが、とりわけ戸籍・郵便等の地名表記から外されたことにより急速に廃れ、反対に府県は急速に定着した。現代では、同じ地名を呼び分けるときや（摂津本山駅←→長門本山駅など）、都道府県名を嫌う場合（長野県←→信州など）、地域名（泉州、筑豊など）、地域ブランド名など（讃岐うどん、但馬牛、薩摩焼など）に旧国名が利用されている。また、北海道条例･国法においては「法務局及び地方法務局の支局及び出張所設置規則」において、支庁や法務局およびその下部組織の所管区域を示す規定中に令制国が示されているものもある。