律令制が事実上崩壊してからも、鎌倉時代においては、依然として各国に国衙が置かれ、国を支配していた。南北朝時代に戦乱が全国に及ぶと、守護大名の力が増大し、国衙も支配するようになった。それにともない室町時代には守護による領国支配が進行した。

戦国時代になると、律令時代からの行政体としての国は消滅した。国司は、完全に名目だけの官職となり、戦国大名が領国支配の正当性を主張するために欲するようになる。安土桃山時代と江戸時代には、地方統治は大小多様の大名と、大名に準ずる領主、江戸幕府の直轄領に分割された。領有が細分化した地方に特別な機関を置く場合を除いて、国を単位とする行政体はなかった（ただし国司を任じていたことから、名目のみ行政区分としての令制国は存在していた）。しかし、戸籍等の住所の表示には令制国が用いられ、欠かせない地理区分であった。