問題などに関して問いただされたが、死刑制度についても、死刑執行停止や死刑制度の廃止などが求めた。

これは前述のように国連総会で死刑執行の一時停止を加盟国に求める決議が採択されたにもかかわらず、日本で7人が死刑執行された状況を踏まえ、死刑制度廃止を訴える英仏などが説明を求められた。これに対し、日本代表は「国民世論の多数が極めて悪質な犯罪については死刑もやむを得ないと考えている」と指摘し、「国連総会決議の採択を受けて死刑執行の猶予、死刑の廃止を行うことは考えていない」との立場を表明した。結果的に人権理事会は日本に死刑制度の廃止を勧告する人権状況の改善を求めた審査報告をまとめた。

また、国連・規約人権委員会は、2008年10月30日に5回目となる対日審査・最終見解を公表した。その中で、国民世論の支持を死刑制度の存置の根拠としている点について「政府は国民に廃止が望ましいことを知らせるべきだ」として日本政府の主張を退けている。さらに、代用監獄問題や従軍慰安婦問題などと共に、「世論調査に関係なく死刑制度の廃止を検討すべきだ」との改善勧告を行った。<ref>「日本は死刑廃止検討を――国連人権委改めて勧告 慰安婦問題にも言及」『朝日新聞』2008年10月31日付夕刊、第3版、第2面。</ref>