刑事訴訟法475条によると、死刑は判決確定後、法務大臣の命令を以って執行されることになっており、大臣は確定後6ヵ月以内に執行を命令しなければいけないことが定められているが、再審の請求や恩赦の出願等の期間はこれに含めないことも定められており、また判例によれば6か月以内の執行は法的拘束力のない訓示規定とされている（これについては現状説明のための後付けではないかとの意見もある）こともあって、死刑確定から執行まで、多くが数年から十数年もの間、平均では7年6か月を要するのが実際である。異例の早さで死刑が執行されたといわれる附属池田小事件の元死刑確定者でさえ、確定してから約1年の時間を要している。そのため、刑を執行されないまま拘置所の中で一生を終える死刑確定者もいる。判決確定から6か月という規定は、日本国憲法制定後の1948年に現行刑事訴訟法が制定された際に、それまでのように死刑執行まで時間がかかりすぎるのは、死刑執行を待つ恐怖が長く続くことになって残酷であり、新憲法の趣旨にも反するという理由で作られたものである。すなわち、旧刑事訴訟法下では執行にかなりの時間を要していたということであり、結果的には、この規定をもってしても判決確定から執行までの期間が6か月以内になることはなかった。

精神の異常を疑われたまま死刑判決を受けた者や、冤罪が疑われながら死刑判決を受けた者については、更に執行が避けられる傾向にあり（著名なものに帝銀事件があるが、藤本事件のように執行された例もある）、外部交通が制限されるなか、長年にわたり何度も再審請求を繰り返して、最終的に無罪となった元死刑確定者も存在している。

また、死刑が確定したのちに、何らかの理由により刑が執行されなかった場合、確定後30年をもって刑そのものが免除となる（刑法32条）。ただし死刑確定者が刑法11条2項に基づき刑事施設に継続して拘置されることによって、免除までの期間は中断される（最高裁昭和60年7月19日決定）。例として名張毒ぶどう酒事件がある。