直接融資は、民業の圧迫になると言う批判があり、縮小することとなった。それに代わって「長期・固定金利の住宅ローン」を提供し続けるため、民間金融機関等による長期・固定金利の住宅ローンの買取りなどを行うといった証券化支援事業を2003年から実施している。この事業には最長の償還期間が35年であることからフラット35という愛称が付けられている。これを元にした民間の住宅ローン商品が各金融機関から発売されている。

これは、アメリカの住宅金融支援の枠組を模したもので、住宅ローンを引き受けた金融機関が、政府系金融機関に一部を引き受けさせ、これらの政府系金融機関もしくは自分自身で社債や不動産担保証券を発行し、流動化を計るというものである。