総司令官は総帥でもあるギレン・ザビ。 ミノフスキー粒子による有視界戦闘に対応し、多数のモビルスーツを搭載できる艦艇を中心とした部隊編成で、開戦当初は古い戦術のままであった連邦軍を圧倒した。公国軍は以下の二つの軍で構成されており、非公式な後付設定では艦隊とモビルスーツの運用における意見対立が原因で分割されたことになっている。総司令官が長男のギレン、公国軍の主要な軍の司令官はそれぞれキシリア・ドズル・ガルマであるため、国軍とはいえ実質的にザビ家の私兵のような指揮系統となっている。

ドイツの鉄十字勲章をモチーフにしたと思しき「ジオン十字勲章」という勲章制度があり、またドイツの軍艦旗をもとにしたデザインの旗もある。

宇宙攻撃軍

ドズル・ザビ麾下。公国軍の中では最大規模を誇る。主な拠点はソロモン。主な将校はランバ・ラルやコンスコン、シン・マツナガ、アナベル・ガトー、左遷される以前のシャア・アズナブルなど。

突撃機動軍

キシリア・ザビ麾下。宇宙では宇宙機動軍として呼ばれている。ニュータイプ研究など特殊な活動も行う。主な拠点はグラナダ、オデッサ。主な将校はマ・クベや黒い三連星、ララァ・スン、サイクロプス隊、ジョニー・ライデン、軍籍回復後のシャアなど。特殊部隊も多い。

地球方面軍

突撃機動軍の一部。ガルマ・ザビ麾下であるが、その権限は実質上、北米地域等に限られている。広大な地球の制圧を担当しており、潜水艦隊を擁する海軍もこの一部である。また地球攻撃軍との連絡が途絶した戦争末期にジオンは宇宙軍の兵力を充当できずに学徒動員に踏み切っていることから、数的な主力はこの地球方面軍に割り当てられていたものと思われる。

親衛隊

上記の軍に属さない、ギレン・ザビに忠誠を誓う直属の護衛部隊で、その宇宙艦隊は後のデラーズ・フリートの母体となった。