ジオン共和国の投降勧告に従わなかったジオン公国軍残存勢力は地上においてはアフリカ、宇宙においては暗礁宙域やアクシズなどの小惑星群等へ撤退し、再起へ向けて地下勢力化していく。宇宙世紀0083年にはデラーズ・フリートが反乱を起こすが鎮圧されている。

一年戦争後からサイド3で存続していたジオン共和国は、『機動戦士Ζガンダム』の作中（グリプス戦役）においてはティターンズに協力させられていたが、『機動戦士ガンダムΖΖ』の作中（第一次ネオ・ジオン抗争）ではネオ・ジオン（アクシズ）に吸収されてしまう。そして、それまで形式的な自治を認められていたものの、宇宙世紀0093年の第二次ネオ・ジオン抗争を経て、0100年に自治権を放棄。正式に地球連邦政府の傘下となる（小説『機動戦士ガンダムUC』では0096年の段階でジオン共和国の自治権返上が決定している）。