新しく市となる普通地方公共団体の名称については、以前は特に規定もなく、福岡県遠賀郡若松町が旧市制の下において市制施行する際には福島県若松市（1899年4月1日市制施行）との重複は特に問題にならず、1914年4月1日に福岡県若松市（現北九州市若松区）が成立した。

しかし、広島県府中市（1954年3月31日市制施行）・東京都府中市（1954年4月1日市制施行）が同時期に市制施行を申請した際にこのことが問題化され<ref>東京都の側は旧武蔵国の、広島県の側は旧備後国の、それぞれ国府が置かれていた。ちなみに、自動車メーカーマツダの本社がある広島県府中町は、旧安芸国の国府があったのが町名の由来である。</ref>、1954年7月1日に埼玉県比企郡松山町ほか4村が合併した際に市名として申請した松山市は愛媛県松山市との重複から認可されず、東松山市となった。また、同一名称市の最初の事例である若松市でも先に市制施行をした福島県若松市が周辺町村の編入を期に1955年1月1日、会津若松市に改称した。<ref>ただこれについては、会津地方が江戸幕末の歴史的経緯から帝國政府に弾圧されてきたということもあり、地元で「会津」を市の名前に入れることに否定的な考えが少なかった（「会津」を市名に加えることに積極的だった）とも考えられている。</ref>

こうしたことを踏まえ、1970年に各都道府県知事あてに出された「地方自治法の一部を改正する法律の施行について」（昭和45年3月12日自治振第32号）という自治事務次官通知によって、「市の設置若しくは町を市とする処分を行う場合において、当該処分により、新たに市となる普通地方公共団体の名称については、既存の市の名称と同一となり、又は類似することとならないよう十分配慮すること。」とされるようになった。

これ以後、既に存在する市の（表記上の）名称と同一の名称を使用することができないとされ、既存の市と同一名称の町が市制施行をする際には、方角等を頭に付す（北海道北広島市、埼玉県上福岡市〈現ふじみ野市〉、東京都東大和市、山口県新南陽市〈現周南市〉など）、旧国名や都道府県名・郡名などの広域地名を付す（岩手県陸前高田市、茨城県常陸太田市、京都府京田辺市、大阪府大阪狭山市、奈良県大和高田市、広島県安芸高田市、大分県豊後高田市など）、地域を象徴する名詞等を後ろに付す（京都府長岡京市、福岡県大野城市など）、広域地名をそのまま使用する（福岡県八女市〈福島町が市制施行〉など）、瑞祥地名に変更する（埼玉県和光市〈大和町が市制施行〉など）等、様々な方法で市制施行にあたって重複を避けている。

しかし、平成の大合併が行われるなかで、歴史的に共通した項目があるなどの合理的な理由によって既に存在する市側が了承すれば、同一の名称を使用することができるようになり、福島県伊達郡伊達町ほか4町が申請した伊達市が北海道伊達市と同一名称であるにもかかわらず認められた。<ref>いずれも江戸時代に仙台を本拠とした大名・伊達氏一門に連なるルーツがある。</ref>

2006年現在、同一名称の市としては前述の府中市と伊達市の2組が存在するのみとなっている。

また、「守山市」と「八幡市」は、それぞれ愛知県と福岡県にあったが、合併で消滅した（守山市→名古屋市守山区、八幡市→北九州市八幡区→北九州市八幡西区・八幡東区）ため、消滅後に市制施行した滋賀県守山市や京都府八幡市は、支障なく市制施行している。<ref>ただし「八幡市」の読み方は福岡県八幡市が「やはたし」、京都府八幡市が「やわたし」と異なる。</ref>

なお、字が違うが同じ読みの市は、出水市と和泉市（いずみ）、鹿島市と鹿嶋市（かしま）、江南市と香南市（こうなん）、古河市と古賀市（こが）、堺市と坂井市（さかい）、さくら市と佐倉市、津島市と対馬市（つしま）、北杜市と北斗市（ほくと）、三次市と三好市（みよし）、山形市と山県市（やまがた）の10組が存在する。

さらに平成の大合併で吸収合併の印象を避け、対等合併であることをアピールするため、伊賀市（上野市他が合併）、白山市（松任市他が合併）、東近江市（八日市市他が合併）、四万十市（中村市他が合併）、大崎市(古川市他が合併)等旧来の市名にこだわらない新名称の市も誕生している。