日本の国立公園・国定公園の保護区分は、大きく分けて次の4つがある。

• 普通地域
  • 制限は最小限だが、基準を超える工作物の建築、広告の表示、土石の採取、地形の変更などには届出が必要。
• 特別地域
  • 風致の維持に重要な地域が指定され、その重要度により第一種から第三種までの区分がある。
    普通地域で届出が必要な行為に加え、指定動植物の採取や損傷、建物の色の塗り替え、自動車や船の乗り入れなどに「許可」が必要になる。また、木や花などを植える際にも植生の影響を考慮する為、「許可」が必要になる。
• 特別保護地区
  • 特別地域内でも特に重要な地区。特別地域で許可が必要な行為に加え、木を植える、動物を意図的に放つ、たき火をする、全ての動植物の採取・損傷（落葉や枯れ枝も含む）などに許可が必要となる。ただし学術目的や地域住民の生活に必要な行為・各自治体等でなければ許可されることはほとんどなく、実質的に「禁止」と考えてよい。また、これらの地域では盗掘を防ぐ為、植生などのマップの公開を禁止される場合や立ち入りが一部禁止される場合もある。
• 海中公園地区
  • 海中の地形や生物の景観の優れた場所で、指定動植物の採取、地形変更、汚水の排出などに許可が必要。1970年の自然公園法改正で誕生した。