魚体に寄生虫（代表的なものとしてエラムシ）が付着しやすいため、その対策が養殖業者の課題となっている。ホルマリンによる薬浴が手っ取り早い方法であるとされるが、処理後の廃水を海に流す事による環境の破壊、周辺の魚介類への汚染や、発ガン物質でもあるホルマリンのフグの身への残留が問題視されている。

2002年、東京水産大学は厚生労働省に対して、愛媛県と長崎県の養殖業者が寄生虫対策としてホルマリンを使用していることを指摘。両県が調査を実施した結果、2003年になって半数以上の業者が使用していたことが判明。同問題発覚後に熊本県等の他の自治体でも調査を実施した所、ホルマリン使用業者が多数見受けられた。この影響で長崎県では、しばらくホルマリンを使っていないフグまで出荷できなくなるなどの影響が出た。

また、ほぼ同時期に発生した真珠貝（アコヤガイ）の大量へい死では、アコヤ貝の死骸からホルムアルデヒド（ホルマリン）が検出され、近隣海域でフグ養殖業者の他にホルマリンを使う者が存在しない事から関連性を指摘される。 その結果、ふぐ養殖業者と真珠養殖業者とが反目した他、消費者団体によりホルマリン残留問題が提起されるなど社会問題にもなった。 その後、水産庁によるホルマリン使用禁止通達や各自治体によるホルマリンを使わない養殖マニュアルの作成後は養殖でのホルマリン使用量は減少したが、依然として心ない一部業者によるホルマリンの使用は続いており、イタチごっこの様相を呈している。

2009年、ほぼすべての養殖業者でのホルマリン未使用が漁協にて確認されている