高級魚であるため、養殖が昔から行われている。愛媛県愛南町では陸上養殖が行われている。 だが養殖の生産量が急増したのは、当時の水産庁によるトラフグ養殖推進の方針や、熊本県などのように養殖フグ生産地の各自治体による養殖マニュアルが作成された1991年以降である。当時ハマチ・鯛等を養殖していた業者がトラフグ養殖に転換し、生産量が増加した。

2005年には佐賀県の業者がフグ毒の発生しない養殖法を開発し、フグ肝を食用として提供出来るよう特許申請をしたが、現時点では100%の安全性が保証が出来ないと判断され却下されている。