パナマ運河の通行料は、船種や船舶の積載量、トン数や全長など船舶の大きさに基づきパナマ運河庁が定めている。1トンにつき1ドル39セント、平均で54,000ドル。

にパナマ運河を泳いで通過した、米国の冒険家であるリチャード・ハリバートンが支払った36セントである。