日本国憲法においては、原則として、最高裁判所の系列に属しない特別裁判所（行政裁判所、軍法会議など）を設置することはできない（76条2項）。しかし、憲法上の例外として、以下の事項については通常裁判所とは異なる機関が裁判を行うこととされている。司法の項目も参照。

裁判官弾劾裁判所（憲法64条）

両議院の国会議員が裁判員となり、罷免の訴追を受けた裁判官を裁判する。国会からは独立した機関である。

議員の資格争訟の裁判（憲法第55条）

国会議員たりうる資格は公職選挙法で定められているが、ある国会議員についてその資格の有無が問題となった場合には、当該議員の所属する院が裁判権を有する。