近年、学齢期の児童生徒の長期欠席が増加している。義務教育という言葉の響きから、在学者の不登校を違法なものだと考える人もまだ多いが、上記のように就学義務は保護者などの義務であり、当事者の義務ではないとされている。こういった制度であるため、本人が自由意志で欠席を選択するのであれば、本人・保護者ともなんら罰則は課されないことが問題視されている 。なお、学齢期で日本国籍のある本人が学校（小・中学校）に行きたいと希望しているにもかかわらず、保護者が通学しないようにした場合（家事を強制したり、外出させないようにするなど）は、就学義務違反となる。督促を受けても履行しないと、10万円以下の罰金が科される。

不登校生徒を対象にした学校外施設として、いわゆるフリースクールが増加している。こういった施設に対しても、学校と同様に出席した場合は出席日数に算入する取り扱いが増えている。