しかし、昭和金融恐慌・世界恐慌の影響で、この新京阪鉄道や阪和電気鉄道（現：JR阪和線）・奈良電気鉄道（現：近鉄京都線）などに多額の投資を行った京阪電気鉄道の経営が危うくなった。その上、新京阪鉄道の路線は京都側のターミナルが仮の西院駅で、大阪側の天神橋駅も同じように市街地の縁にあってどちらも利便性が悪かったことと、沿線の人口も前述のような理由で多くなかったことから、利用客が伸びずに同社はもっとひどい苦境に陥った。このため、新京阪鉄道は1930年に京阪電気鉄道に合併されて同社の新京阪線となり、経営を一本化した上で再建を図ることにした。そのため、京都側の地下線の完成も急がれることになった。その京都側ターミナルである大宮駅までの地下線による延伸は1931年に完成したが、これは大阪市営地下鉄開業の1933年よりも早く、関西では初の地下鉄道路線でもあった。

なお、新京阪鉄道は西向日町駅（現：西向日駅）から分岐して伏見・山科を経て滋賀県大津市の馬場に至る路線と、大宮駅からさらに京都市の地下を貫通する路線の免許も収得していた。このうち後者は戦後に河原町駅へ阪急によって路線延長がなされる際に活用された。さらに京阪では、その大津市馬場から鈴鹿山脈を越えて名古屋に至る名古屋急行電鉄の建設計画も持っていたが、恐慌のため立ち消えとなった。