IRAの組織は階層構造が基本となっている。一般構成員は義勇兵 (óglaigh) と称されている。初期にはそれぞれの出身地に従って「中隊」にわけられていた。 複数の中隊により「大隊」、さらに「旅団」が形成された。

1970年代の後半になると、このような地区ごとに区分けされたグループ構造は廃止された。これは警察による摘発に対して非常に脆弱であった為であった。代わってより小規模な「単位細胞」が設けられ、補給局長によって直接指揮されるようになった。中隊制度はカトリック居住区における警備活動や武器の隠匿において利用されている。このような組織改革には例外もあり、IRA暫定派南アーマー旅団においては伝統的なヒエラルキーと中隊組織がとられていた。

組織を構成する全ての階層からの代表によって最高意思決定機関であるIRA総軍会議 (IRA General Army Conventions) が開催される。1969年以前のGACsは定期的に開催されていたが、後には取り締まりの強化もあって不定期化された。

GACでは12名の幹部が選出され、その中からさらに7名のメンバーでIRA軍事協議会が構成された。日常的な決定事項はこの軍事協議会において決定され、組織のリーダーである「参謀長」の選出も担当していた。

参謀長は自身の「高級副官」および、複数の部局により構成される「参謀本部」メンバーを選出する。参謀本部はIRA補給局長の他に、経理、工作、訓練、情報、広報、作戦、防諜の各担当で構成されていた。

地区別には北アイルランドおよびそれに隣接するアイルランド共和国の州を担当するIRA北部コマンドと、それ以外のアイルランド島を担当する南部コマンドに分割されていた。この他にはブリテン島とアメリカ合衆国にも支部を有しているとされている。