2001年2月の改正道路運送法施行により、バスの新規路線開設、さらにバス事業自体の免許制から許可制への移行など、規制緩和されたことから、貸切バス事業を中心とした新規参入、さらにこれを利用した会員制都市間ツアーバスの運行が活発に行われるようになり、高速バスは厳しい競争の時代を迎える。また過剰な設備を排し、高速バスの最大のメリットである低運賃を今までよりさらに追求していく傾向が出て来た。

• JRバスグループは生き残りのため、従来は考え得なかった夜行便より運賃を下げ（8,610円→6,000円）、550km以上を日中に長距離走行する東京・新宿～大阪・京都間の「昼特急」を新設した。JRバスグループは乗り換えを億劫がる高齢層をターゲットに考えていたが、実際は学生など予算は抑えたいが時間は取れる客層の方に受け、学生の長期休暇などの時期では予約が困難なほどの人気を博している。
• この「昼特急」の人気は、長引く不況などによる乗客のニーズの変化で、不人気で廃止路線が多かった長距離昼行便の需要が高まって来たことの証左とも言え、東京～弘前間の「スカイターン号」のようにこれまで夜行便しかなかった路線に昼行便が運行開始された例もあったが（「スカイターン号」は、「昼特急」のように夜行便より運賃を下げている訳ではなく、夜行便と同一運賃で設定されたが、後に後発格安便の「青森上野号」に統合されている）、1990年代後半～2000年代前半に昼行便を廃止した路線で見直されたところは意外にも殆どなかった。

• 東京（周辺）～大阪（京阪神）間をはじめとする主要都市間では、主催旅行（ツアー）の形態を取った格安（東京～大阪間で片道3,000円台から）夜行ツアーバス（貸切バス）の設定が増加している。バスターミナルが利用できないため、周辺の駐車場等からの発着が多い。きっぷは当日購入できなかったり、取り消しや変更の制約が大きい場合が多い、集客状況によって経由地でバス乗換など、通常の路線バスと異なる面もあるが、価格の優位性から利用を伸ばしている。
  • これに対抗して、東京～大阪間では1980年代前半以前に主流だった4列座席に戻し、さらに所要乗務員を減らすため運行時間を長く（途中で2時間以上の仮眠時間を設定すればワンマン運行可能）して運賃を下げた（東京～大阪間で5,000円）「青春ドリーム号」「カジュアルツィンクル号」「フライングスニーカー大阪号」の夜行便が設定され、逆に座席や車内設備をデラックス化して運賃を少し上乗せした便の運行を始めたりするなど、多様なニーズに対応している。
  • 一方で、ツアーバスが台頭し始めた2005年ころから、高速路線バスの運行から撤退したり、路線を再編・廃止したりするケースが相次いでいる。
  • 南東北では、各都市と東京との間で格安のツアーバスが参入する一方、仙台市を中心とする東北地方内の都市間高速バス路線の値引き競争・新規路線開拓が続いており、陸上交通の再編が起きた（詳細は→仙台経済圏の交通環境の変化）。
• 行き先のニーズによって立ち寄る停留所を増やす傾向もある。東名高速道路経由便は東名江田、東名向ヶ丘に、中央道経由便（主に新宿駅発着）は中央道日野に停車させ、乗客の利便性を図っている。
  一方で老舗の名神ハイウェイバスは、開業時から運行していた急行便を廃止し、途中の停留所を削減・集約している。
• 九州地区ではJR九州の特急ネットワークの充実ぶりを意識し、西鉄系高速バス路線を先導に運賃を片道1000円や1500円といったでわかりやすい運賃設定に値下げしたり、もしくは運賃を下げず往復乗車券・回数乗車券を値下げしたりする事例が相次いだ。また、都市高速と九州道が直結し定時性が確保されてきたことで、各路線で利用者が増え、増便となった路線が多い。最近では高速バス路線の集中する高速基山での乗り継ぎによる割引制度を導入し、対福岡間以外でも利便性の向上を図っている。
  • さらに、九州地区では2005年3月1日から高速バス乗り放題乗車券「SUNQパス」を発売した。当初は乗り放題の対象は高速バスのみで、利用できる範囲も福岡県・佐賀県・長崎県・熊本県・大分県に限られていたが、2006年4月1日からは路線バスも乗り放題の対象にするとともに、宮崎県・鹿児島県でも使用できるようにした全九州版の発売も開始された（福岡県・佐賀県・長崎県・熊本県・大分県のみを対象とするパスも、同じく路線バスを乗り放題の対象に加えて北部九州版として発売している）。
• 四国地方（特に香川県と徳島県）では、京阪神方面への高速バスの充実ぶりによって新たなる動きが見られる。高速バス利用者を対象に、バスターミナル付近の駐車場の駐車料金を24時間または48時間以内なら無料にするいわゆる「パークアンドライド」のシステムの採用が増えてきている。特に四国東部は公共交通機関が乏しく、マイカーの利用が主流になっている。またマイカーで京阪神方面に行くとなると、高速道路や本州四国連絡橋の料金などで割高（片道でも6000円前後になる）になるので、このように各地から京阪神方面へ安く行こうという利用者を狙っている施策であると考えられる。淡路島内でも、島内の路線バスの便数が少なくマイカー利用が中心であるため、神戸淡路鳴門自動車道上の淡路I.Cと淡路島南I.Cを除くすべてのバスストップや東浦バスターミナル、陸の港西淡に無料の駐車場が設置されている。ただ、問題点として、駐車料金が無料であるため、高速バス利用者以外の駐車や、数日間に渡っての長時間駐車、駐車場によっては未舗装や駐輪場未設置などがある。

• 最近では鉄道では直行できない区間を走る高速バスが急速に増えつつある。
  • 渋谷・新宿から静岡県各都市を結ぶ高速バス路線や、東京駅～（清水駅経由）折戸車庫間「しみずライナー」、東京駅～富士駅・富士宮駅間「かぐや姫エクスプレス・やきそばエクスプレス」といった東京駅と静岡県各都市の中心部を直行する路線、東京駅～知多半田駅間「知多シーガル号」（夜行便を含む）などが新規に開設された。
    各都市から東京への移動需要がありながらも新幹線の駅から離れていたり、東海道新幹線「のぞみ」が新横浜から名古屋まで無停車であり、静岡県内・愛知県東部から利用できる新幹線「ひかり」の本数も1～2時間に1本程度と少ないこと、かたや在来線は近年のダイヤ改正で東京へ直通する列車が大幅に減少するなど、各地域から東京へ直行できる鉄道がなくなったことが背景であり、直行需要を狙って高速バス路線を開設したものである
  • 名古屋駅・栄発着においても東京都内～東海地方間と似たような動きがあり、豊田市、可児、関・美濃、郡上八幡、高山（いずれも名鉄系）の系統では増発傾向にある。特に高山系統は長年名鉄犬山線直通列車としての伝統を誇った「北アルプス」が廃止されるほどの勢いとなった。
  • 京阪神地区では大阪梅田～伊賀上野の路線が新規に開設され、さらに新名神高速道路開通に伴い、近鉄特急では大回りになる京都と三重県北中部とを直行する路線を新たに開設した。また舞鶴若狭自動車道の延伸で福井県の若狭地区へのバスも新設されている。
• 反対に、大都市内の道路渋滞を避け、かつ従来はバスの通過を横目で見ていた大都市郊外の居住者層をターゲットとするため、敢えて都市圏の外縁部にターミナルを設定する高速バスも登場している。大都市圏では鉄道の本数が多く、乗り換えてもさほどタイムロスにならないため、渋滞のリスクと速達性の観点からいえば、高速バスの利点の一つである「直行性」を放棄してでも有効となりえるが「あだたら号」（新越谷駅～郡山駅間）や守谷～日立線(2008年7月で廃線)といったそれを意図した路線が頻繁にダイヤ改正を行うなど試行錯誤を繰り返し苦戦している現状である。
• 2009年3月からのETC大幅割引によって<ref name="etc01">高速道路料金の引下げの実施について国土交通省</ref>普通車・軽自動車で高速道路を安価で移動することができるようになり、出発日・到着日共に土日・祝日となる便で普通車・軽自動車利用へのシフトによる高速バスの乗客減少が懸念されている。
  • また、ETC大幅割引によって高速道路上の普通車・軽自動車の交通量が増えるためにでは5 - 10％の収入減を見込んでいる。</ref>
  • また、高速バス利用減に伴い高速バスの収益によって過疎路線を補填してきた会社（岩手県北自動車・信南交通等）において過疎路線の廃止に拍車がかかる事が懸念される。
  • なお、今後はこの割引が観光バス・高速バスにも適用される予定（30%割引）となっている。<ref name="etc01"/><ref>高速バスは明言されていないが、対象には「一般乗合旅客自動車運送業を営むものが運行するバス」も含まれている。</ref>