全国の高速バス路線網が一通り完成して「開設ブーム」が終わり、新規路線拡大が落ち着きを見せる。不況とも相まって、利用者のニーズに合わない路線が淘汰されていった時代といえる。

• 利用客が伸び悩み、採算の取れない路線の多くが廃止されていった。
• 運行時間が5時間以上に及ぶ長距離昼行便は全体的に利用が伸びず、廃止されたケースが多かった。
• 大都市と地方都市を結ぶ夜行高速バスにおいて、大都市側の事業者が運行から撤退するケースが相次いだ。東急バスの様に夜行高速バス自体から完全撤退した例もある。これは大都市側では乗務員の人件費が高いことに加え、一般に大都市と地方都市を結ぶ高速バスは、地方都市の事業者の方が利用者も多く運行に熱心であることも影響しているといわれる。
• 加えて、首都圏・近畿圏ではディーゼル自動車の排気ガスによる大気汚染を規制する自動車NOx法が施行されたことから、主力事業である路線バスで年式の古い車両（おおむね車齢が10年以上）の大量代替を迫られたことも、大都市圏事業者において高速バスの縮小・撤退や子会社移管が進んだ一因と考えられる。
• 一方では明石海峡大橋が1998年に開通したことで京阪神と淡路島・四国地方を結ぶ路線が次々と開設され、瀬戸大橋とは異なり、平行する鉄道路線が無いため現在に至るまで増便が繰り返されている程の盛況である。なお、徳島～津名港間の淡路・徳島線は津名港発着の高速船がすべて廃止されたことから利用客が激減し便数が特急10便・急行6便から特急1便・急行5便に減らされ、淡路交通単独運行に切り替えた。同時に淡路島・四国方面のフェリー航路は次々と廃止に追い込まれ、フェリー会社の離職者対策として高速バス会社が設立された（本四海峡バスなど）。また本四海峡バスとJR系のバスでは淡路島、四国（徳島・高松）方面では「BLUEネットワーク」を形成し、さらにはJR神戸線の舞子駅に快速電車、山陽電気鉄道本線の舞子公園駅に直特・特急（ただし、舞子公園駅は明石海峡大橋開通から8.5年後の2006年10月より毎日停車）を停車させて、高速バスとの接続を改善するなど、連携の構築を計った。
• 房総半島方面では東京湾アクアラインが開通し、東京都心部・羽田空港・川崎・横浜への所要時間が大幅に短縮された。このために品川駅、羽田空港、川崎駅から木更津方面のバスがフェリーの代替で新設された。明石海峡大橋と同じく通行料が高いため高速バスへの乗り継ぎ需要が大きく、東京湾アクアライン周辺では袖ケ浦バスターミナル、木更津金田バスターミナル、君津バスターミナルなど高速バス利用を前提としたパークアンドライドが推進されている。これにより、房総地区から羽田空港アクセス、東京駅・品川駅への新幹線接続の利便が向上した。またこのルートでは通勤客の利用が多いことが特徴であり、2000年代に入って、高速バスの定期券が発売されるようになったり、深夜バス（運賃は2倍になる）の新設を行うなど通勤・通学客に特化したサービスを展開している。通行台数が少なく赤字が続くアクアラインであるが、高速バスによって東京湾東西方向の利便性は格段に向上した。