• 1946年、医師実地修練制度に基づき、第一回医師国家試験が行われる。
• 1985年まで春・秋年二回行われていたが春に年一回となる。
• 1993年より出題科目指定がなくなり、出題科目を全科とした総合問題形式となる。
• 2001年より出題数が550問（のち530問）9ブロック（うち50問（のち30問）は試行問題）になり、試験日程が3日間となる。
• 2004年までは毎年3月に行っていたが、2005年より臨床研修義務化に伴い2月に行われる。
• 2007年、試行問題がなくなり、出題数が500問、8ブロックの出題となる。
• 2008年、必修の基本的事項、医学総論、医学各論のそれぞれの領域について、一般問題と臨床実地問題（長文形式含む）が同一ブロック内で出題されるようになり、3領域×3ブロック＝9ブロックでの出題となる。

また2001年-2005年までの問題、解答は非公表であったが、2005年11月11日に厚生労働省Web上にて公表となった。