菌類は一般に菌糸からその体が構成される。この場合、植物以上に個体の区分は難しい。キノコのような子実体は見かけ上は個体であるかのように見えるが、実際には生殖器官であるに過ぎず、その下に栄養体が隠れている。その栄養体は菌糸という、個々に独立した活動が可能な糸状態の集積である。かといって菌糸を個体と見なすのもおかしい。大型のキノコは、多数の菌糸が集まった状態から作られるし、それを支える栄養菌糸も、大きなものが求められるからである。他方、コロニー全体を個体と見なす考えはあり得る。しかし、断裂を起しやすく、まとまりがあるとは言えない。

菌類の形として、酵母という単細胞の姿を取るものもある。この場合、個々の細胞を個体と見なすことも可能であるが、菌糸の場合との整合性に問題が感じられる。

個々の菌類について考えれば、ツボカビ類には胞子のうを一つしか作らない単心性のものがあり、この場合には個体が明確である。また、接合菌類のトリコミケス類、子のう菌類のラブールベニア類なども個体が判別できる例である。