JR北海道・JR東日本・JR東海・JR西日本の4社では、幹線用の運賃表とは別に地方交通線用の運賃表（幹線の約1割増）が用意されていて、地方交通線のみを乗車する場合（通過連絡運輸により他社線を跨いだ場合でも、乗車するJR線区間が全線地方交通線である場合も含む）は地方交通線用の運賃表が適用される。一方、JR四国・JR九州の2社では、幹線と地方交通線の運賃表は共通である代わりに、地方交通線の運賃計算に擬制キロ（営業キロを約1割増したもの）を用いる。

幹線と地方交通線とを乗り継ぐ場合は、地方交通線については営業キロを約1割増した換算キロ（JR四国・JR九州では擬制キロ）を用い、これと幹線の営業キロとを合算した距離（運賃計算キロ）を元に、幹線の運賃表で運賃を求める（ただし、JR北海道・JR東日本・JR東海・JR西日本では、営業キロが10km以下の場合は営業キロで地方交通線の運賃表を適用する）。