教会は始めから唯一の普遍的（公同的）集団であるという考えと、普遍的教会は後に成立したという考えがある。

前者の考えは「目に見える（可視、可見、見ゆる）普遍的教会」と言われる。初代教会から継承され、民族や地域を越えて全世界の教会が教理や礼拝を一致させて作り上げてきている「目に見える教会」である。1つ1つの教会が普遍教会なのである。この考えは2世紀から4世紀に完成した）の中に述べられている。

一般的に目に見える普遍教会の伝統では、）として次世代に受け継がれてゆく。

一方、プロテスタントは人間の目に見える1つ1つの教会のバックボーンとなる「目に見えない（非可視、不可見、見えざる）普遍的教会」という考えを持つ。教派など目に見える違いがあろうとも、過去から未来までイエス・キリストを信じる者すべてが民族や地域を超えて作り上げるイエス・キリストのからだ、つまり目に見えない普遍的教会に属するという考えで、これは中世末期に宗教改革が起こるまで明白にされなかった。

少数派ではあるが、聖書で「教会」と訳されているのは ほとんどが地元の自治体や集会を指していると主張する教派もある。英語のをεκκλησία（ecclesia エクレシア）というが、キリスト教以前にはギリシャ都市国家の立法府などある目的のために集った会という意味で用いられた。

この流れをくむ教派は、初代教会からコンスタンティヌス1世の台頭を通してみられた中央集権化をめざす教会内の動きが真のキリスト教からの逸脱であると考え、ニカイア・コンスタンティノポリス信条（二ケア信条）や使徒信条を否定している。